Johann III Bernoulli fue enterrado en el cementerio de la iglesia de St. Laurentius en Berlín-Köpenick. Parece que el sepulcro no es de hace mucho, pero la cruz metálica con los nombres y fechas de él y su mujer, aún está ahí.

En los siglos XVII y XVIII algunos miembros de la familia Bernoulli formaron una especie de dinastía de sabios en Besel (Suiza). A causa de que, tradicionalmente, los nombres Jakob, Johann y Niklaus han sido usados con mucha frecuencia, se han distinguido por números romanos consecutivos.